Το ζήτημα των απαλλαγών κρίθηκε δικαστικά με την τελεσίδικη υπ’ αριθμ. 115/2012 Απόφαση του Διοικητικού Εφετείου των Χανίων η οποία κρίνει ότι οι Ορθόδοξοι μαθητές δεν έχουν δικαίωμα απαλλαγής, επειδή δεν έχουν λόγους θρησκευτικής συνείδησης. Συμπληρωματικά η απόφαση 1/2015 του Τριμελούς Συμβουλίου του Διοικητικού Εφετείου Χανίων αναγνώρισε ότι η εγκύκλιος με αρ. πρωτ. 12733/Δ2/23-1 2015 (εγκύκλιος Α.Λοβέρδου) είναι εκείνη που συμμορφώνεται με την  απόφαση του 115/2012. Στην απόφαση αυτή αναφέρονται τα εξής: «Ειδικότερα καθίσταται σαφές, ότι ή παρεχομένη δυνατότατα απαλλαγής αφορά μόνον τους μη Χριστιανούς Ορθοδόξους στο θρήσκευμα μαθητές δηλαδή αποκλειστικά τους ετεροδόξους ή άθρησκους, πού επικαλούμενοι λόγους θρησκευτικής συνείδησης ζητούν, να απαλλαγούν από την παρακολούθησή του. Τούτο δε διασφαλίζεται με την αναγραφή στην υποβαλλόμενη για την απαλλαγή από το μάθημα των θρησκευτικών υπεύθυνη δήλωση του Ν. 1599/1986 του ιδίου του μαθητή (εάν είναι ενήλικος και των δυο γονέων του (αν είναι ανήλικος) ή και του ενός μόνο στην περίπτωση πού ή γονική μέριμνα ασκείται από τον ένα ότι ο μαθητής δεν είναι Χριστιανός Ορθόδοξος και εξ αυτού επικαλείται λόγους θρησκευτικής συνείδησης».

Επίσης η Αρχή Προστασίας Δεδομένων Προσωπικού χαρακτήρα με πρόσφατη Γνωμοδότηση 4/6-8-2015 ορίζει ότι «Οι θρησκευτικές δε αντιλήψεις του ενήλικου μαθητή ή των γονέων του ανήλικου μαθητή χωρίς να αναφέρονται ειδικώς πρέπει να επιβάλλουν –προφανώς λόγω του περιεχομένου τους– τη μη συμμετοχή του μαθητή στο μάθημα των θρησκευτικών, λόγω του περιεχομένου του, το οποίο περιέχει τη θρησκευτική διδασκαλία κατά το ορθόδοξο δόγμα της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας συνεπώς δεν αρκεί απλή